Na de verovering van diverse handelsposten op de Portugezen aan het eind van de 17e eeuw werden de daar aanwezige slaven naar Batavia gebracht. Hierbij zaten ook niet erkende kinderen van gemengde afkomst. Aangezien zij van oorsprong katholiek waren kregen zij hun vrijheid als zij zich bekeerden tot Nederlands Hervormd. De kerk was voor hen gebouwd buiten de toenmalige stadsmuren, vandaar de term Buitenkerk.
De bouw van de kerk begon in 1693 en op 23 oktober 1695 vond de opening plaats. In 1957 werd de naam veranderd in Gereja Sion. In 1984 heeft een deel van de begraafplaats ruimte moeten maken voor de uitbreiding van de weg die er langs loopt.
Het doopregister van de Portugese Buitenkerk te Batavia 1784-1817 is gepubliceerd in deel 17 van de bronnenpublicaties welke opgenomen is op de DVD Bronnen voor Indisch genealogisch onderzoek.
Het huidige adres is: No., Jl. Jemb. Batu No.17, RT.9/RW.4, Kota Tua, Pinangsia, Tamansari, Kota Jakarta Barat, Daerah Khusus Ibukota Jakarta 11110, Indonesië
